לדברי הבכירים, חלק מהבעיות הקשות בהתנהלות משרד הבריאות הן בכך שהוא לא החליט על ביצוע ועל תקצוב מבצע חיסונים ממלכתי, שבמסגרתו יחוסנו בקופות החולים ובמרפאות משרד הבריאות כל מאות אלפי הישראלים שלא חוסנו באופן מלא (ילידי 1977-1957). בנוסף, הטענות התמקדו בכך שהמשרד לא עשה כמעט דבר להתמודד עם מתנגדי החיסון ועם הרופאים שמפיצים מידע כוזב ומסוכן על סכנות החיסונים, ובכך שלא שיפר את תפקוד תחנות טיפת חלב שבהן ניתנים מרבית החיסונים בארץ. זאת, למרות שעוד ב־2014 התריע מבקר המדינה על המחדלים בתחום זה.

הבכירים אומרים כי גם הצעדים החדשים שנקטה השבוע הנהלת משרד הבריאות אינם מביאים להתקדמות משמעותית. "אלה צעדים קטנים והססניים שרק ממחישים את חוסר ההנהגה של צמרת משרד הבריאות. המחדל של משרד הבריאות נעוץ בכך שהוא ממשיך להתנהל כאילו אין כאן מצב חירום רפואי שמסכן את בריאות הישראלים, וללא תוכנית לאומית ממלכתית לביעור החצבת", כפי שאמר השבוע אחד מבכירי קופת החולים. הבכירים גם העלו ביקורת נוקבת על משרד הבריאות, שלא נערך לצמצם את התפשטות המגיפה על ידי הגבלה או מניעה של התיירים הרפואיים שמגיעים ממדינות עם מגפת חצבת. זאת, בעקבות חשיפת "ישראל היום" כי ילד חולה סרטן בן 7 מאוקראינה, טופל בבית החולים איכילוב בתל אביב, שם נחשפו אליו 10 ילדים חולי סרטן שנקראו לקבל חיסון מונע למחלה.

ממשרד הבריאות נמסר: "שיעורי החיסון בישראל הם מהגבוהים בעולם. ברמת השטח, מתבצעות כל העת פעולות, בין אם באמצעות הסברה באזורים בהן שיעורי החיסון נמוכים יותר, ובין אם באמצעות פניה ישירה להורים שלא חיסנו את ילדיהם על ידי אחיות טיפת חלב".