Fikrimizcə, islamçılığın siyasiləşməsi, yəni «türk-islam millətçiliyi» nəzəriyyəsinin yaranması milli məsələnin gündəmə gəlməsi üçün təkanverici rol oynamış, həmin ideyanın əsasında siyasi türkçülük (türk xalqlarının birliyi) və daha sonra etnik-milli türkçülük (Azərbaycan türkçülüyü) təşəkkül tapmışdır. Şübhəsiz, islamçılıqdan türkçülüyə, türkçülükdən Azərbaycan türkçülüyünə gedən yol təkamül nəticəsində baş vermişdir. Bu baxımdan, Ə.Ağaoğlu həmin dövrdə «türk-islam millətçiliyi» uğrunda mübarizə aparsa da, türkçülüyə də meyil etmiş və bununla da, Azərbaycan mili-türk ideyasının meydana gəlməsinə zəmin hazırlamışdır.

Ə.Ağaoğlunun islamçılığa əsaslanan «türk-islam millətçiliyi» nəzəriyyəsi isə onun «İslama görə və islamda qadın», «Müsəlman xalqlarının vəziyyəti», «Panislamizm və onun xarakteri», «Axund, İslam  və Hatifülqeyb» və digər əsərlərində, həmçinin çoxsaylı elmi-nəzəri məqalələrində öz əksini tapmışdır.

Fikrimizcə, Ə.Ağaoğlunun elmi-rasional islamçılıqdan kənara çıxıb siyasi islamçılığa - «islam millətçiliyi»nə meyil etməsində ən başlıca amil Qafqazda ruslaşdırma, farslaşdırma siyasəti, o cümlədən 1905-1906-cı illərdə çar Rusyasının əli ilə baş verən erməni-türk münaqişəsi və s. olmuşdur. Bütün bunlar bir daha göstərir ki, Ə.Ağaoğlu islamçılığın elmi-nəzəri əsaslarının yaranmasından sonra bu hərəkatın siyasiləşməsinin tərəfdarı olsa da, dövründə baş verən hadisələr onun özünü də «Gənc türklər» kimi, daha tez siyasi islamçılığa-«türk-islam millətçiliyi»nə üz tutmağa sövq etmişdir.

Bütövlükdə, o, 1900-1910-cu illərdə tərəqqipərvər islamçılığa əsaslanan türk-islam millətçiliyi nəzəriyyəsi ilə bağlı iki məsələyə diqqət yetirilməsini zəruri sayırdı: 1) islam dünyasının fəlakətlərinin səbəbləri obeyktiv təhlil edilməli və islam millətlərinin qurtuluş yolu ruhanilərin təbliğ etdiyi islamda deyil, tərəqqipərvər ruhlu islamda axtarılmalı; 2) dini kimliklə (islamla) milli kimlik (türklük), dini özünütəyinlə (islamçılıqla) milli özünütəyin (türkçülük) isə bir-birinə nəinki ziddir, hətta bir-birini tamamlayır.

1890-cı illərdə Parisdə təhsil alarkən Avropanın təzyiqindən sarsılmış islam dünyasının fəlakətlərinin səbəblərini axtaran Ş.C.Əfqani şəxsən həmsöhbət olduğu Ə.Ağaoğluna dərin təsir bağışlamışdır. Həmin təsir altında Ağaoğlu 1899-cu ildə «Kaspi» qəzetində nəşr olunan bir məqaləsində qeyd edirdi ki, əslən Həmədandan olan Əfqani özündə cəsarət tapıb birinci olaraq müsəlmanların ailə və cəmiyyət həyatlarının köhnəldiyini, çağdaş dövrə uyğun olmadığını və bunlara səbəb ruhanilərin özlərinin köhnəlməsi, hakimiyyyətin kütlüyü və nadanlığı olduğunu qeyd etmişdir. Ağaoğlunun fikrincə, Şərqdə nümunəvi ictimai xadim olan bu şəxs, eyni zamanda özünün gələcək davamçılarının fəaliyyəti üçün proqram tərtib etmiş və bu davamçıların inkişaf etdirməli olduqları ideyaları göstərmişdir.

«Müsəlman xalq­larının vəziyyəti» (1903-1904) silsilə məqalələrində Ş.C.Əfqani kimi, hazırda islam dünyasının yarımcan vəziyyətdə olması fikrini qəbul edən Ağaoğlunun fikrincə, taleyin zərbələrindən sarsılıb məyus olmuş müsəlmanlar indi gəzib bu fəlakətin onların üzərinə haradan gəldiyini axtarır və vəziyyəti düzəltmək haqqında fikirləşirlər. «İslama görə və islamda qadın» əsərində də Ə.Ağaoğlu qeyd edirdi ki, müsəlmanların islahat dövrünü keçmələrinin vaxtı çatmışdır. Müsəlmanların qurtuluşu üçün isə, islahatlar ilk növbədə qadınlara azadlıq verilməsindən və əlifbanın islahından başlamalıdır. Eyni zamanda, o, müsəlmanları qəflət yuxusundan oyatmaq üçün, Əfqani kimi müsəlman islahatçısının yolunu gözləyirdi. Ağaoğlu hesab edirdi ki, hər bir müsəlman milləti ilkin islama əməl etməklə, milli mənəvi dəyərlərə sahib çıxmaqla yanaşı, qərb mədəniyyətinin müsbət dəyərlərini də mənimsəməli və Avropa millətləri kimi inkişaf etməlidirlər. Çünki islam bədbinlik deyil, nikbinlik və tərəqqipərvərlik dinidir.

Bizə elə gəlir ki, Ağaoğlu «Panislamizm və onun xarakteri» məqaləsində «panislamizm»in, yəni «türk-islam millətçiliyi»nin elmi-nəzri əsaslarını verməyə çalışmışdı. Onun fikrincə, panislamizm ideyası islamın özündə, onun nəzəriyyə və tarixində ehtiva edilmişdir: «Quran, hər cür millətçiliyə düşməndir. Ümumbəşərilik demək olan islam milli əlahiddəliyi, irqi ayrı-seçkiliyi, silki xurafat və ənənələri zəiflətməyə çalışır. İslama görə, ona iman gətirən bütün insanlar qardaşdırlar, hamı Allah və Quran qarşısında bərabərdir.  Nə türk, nə ərəb, nə fars, nə hindu, nə zənci, nə ağ var: hamı müsəlmandır, bərabər və birdir, hamı eyni bir Atanın, sevən bir Atanın (Allahın - F.Ə.) övladlarıdır, fərq yalnız Ona itatət edənin dərəcəsindədir. Bu ideya Quranda ümumi müddəa şəklində deyil, aydın və rəsmi şəkildə ifadə edilmişdir: «müsəlmanlar qardaşdırlar».

«İslam, Axund və Hatifülqeyb» (1904) adlı əsərində ən çox islamla bağlı olaraq yaranmış mövhumata, xurafata, dini fanatizmə və s. diqqət yetirən Ə.Ağaoğlu ruhanilərə başa salmaq istəmişdir ki, onların islamın adı ilə bağlı gördükləri işlər bu dinə mənfi təsir göstərmiş, onun qüdrətini zəiflətmişdir. Axundlar islamın xadimi olduqları halda, uzun zamandır ki, bu dini odlara yaxmış, bununla da büiün dünyada islamın nüfuzuna xələl gəlmişdir. Hatifülqeyb də hər bir millət arasında yüzlərlə məzhəbin, təriqətin olmasının günahkarı din xadimləri olduğunu göstərir. Əsərdən məlum olur ki, müsəlmanların çoxu islamın, Quranın əsil mahiyyətini bilmir və burada da əsas günahkar din xadimləridir.

Ə.Ağaoğlunun fikrinə görə, Məhəmməd peyğəmbərin (s.) təlimi Allahın təlimidir və islam haqqında fikir yrütümək üçün Quran əsas götürülməlidir. Onun fikrinə görə, islamdakı Allah anlayışı hər şeyin ondan baş verdiyi və hər şeyin ondan qayıtdığı sonuncu «səbəblər səbəbidir». Allah həyatı, ölümü, zamanı, məkanı özündə ehtiva edir, özü isə bunların heç biri ilə məhdud deyildir.

Ağaoğlunun fikrincə, islamda meydana gələn təriqətlər, təlimlər sonralar yaranmış və onlar islamın mahiyyəti ilə uyğun gəlmir. Çünki islam tək Həqiqətin, Allahın iradəsinin ifdasiə olub, dəyişilməzdir. Bu mənada şiəlik, çünnilik, vəhabilik, babilik və s. kimi təriqətlər, məzhəblər islamın ruhuna ziddir. Əslində bu təriqətlər, məzhəblərin vasitəsilə vahid olan bir dini parçalamaq isə onun tənəzzülünə çalışmaq deməkdir.

O, əcnəbilər tərəfindən ortaya atılmış bir anlayış olmasına baxmayaraq, bir müddət panislamizmi («pan» yunanca hamısı, bütövlük mənasını verir) müsəlman-türk dünyasının oyanışı və inkişafı uğrunda mübarizə aparan qüvvələrə verilmiş müsbət bir məfhum kimi qəbul etmişdi. Ola bilsin ki, Ə.Ağaoğlunun «panislamizm» anlayışına ilk dövrlərdə, bu cür münasibəti sonralar, həmin məfhumun «islam birliyi» uğrunda mübarizə aparan bütün qüvvələrə verilmiş ümumi siyasi-ideoloji bir ada çevirilməsində də müəyyən rolu olmuşdu. Ancaq bütün hallarda Ə.Ağaoğlu da Ə.Hüseynzadə kimi, «panislamizm» dedikdə, bütün «ittihadi-islam» tərəfdarlarını deyil, yalnız onun mötədil (orta) mövqedən çıxış edən «ağılı ünsürlər»ini, yəni tərəqqipərvər hissəsini nəzərdə tutmuşdu.

Bunu, sonralar Ə.Ağaoğlunun Ə.Hüseynzadə kimi, «panislamizm» anlayışına dəyişən münasibəti də göstərir. O, sonralar bu anlayış ətrafında Avropa, o cümlədən Rusiya millətçilərinin yaratdığı mənfi obrazı aradan qaldırmaq üçün qeyd edirdi ki, «müsəlmanlar qardaşdırlar» prinsipini irəli sürən islam müsəlmanlar arasında qardaşlığa, ittifaqa və ittihada əsaslanır: «Fəqət bu ittihad və ittifaqımız avropalıların ixtirası və onları təqlid yolu ilə Rusiya ermənilərinin də istilah etdikləri «panislamizm» deyildir. Yəni bizim «ittihadımız» slavyan milləti arasında mövcud olan «panslavizm» fikri kimi ümumislamları da bir dövlətə ilhaq etmək və yaxud bir nöqtəyə ictima edərək, aləmi-xristianiyyəyə qarşı qiyam etmək fikri deyildir… Kaş ki, bizdə dəxi böylə bir əsaslı fikir və mərkəzi-ictimaimiz ola idi də. Biz müsəlmanlar da böylə bir məsləkə xidmət etməklə iftixar edər idik. Fəqət nərədə bu fikir, nərədə bu mərkəz?!  Böylə bir xəyaldan ibarət bulunan «panislamizm» fikirinə deyil, heç olmazsa ittihadi-islamiyyə-şəriyyəmizə xidmət etsələr də çox təşəkkür edər idik». Bununla da, Ə.Ağaoğlu «panislamizm»in müsəlmanların vahid dövlətinin, yaxud da federasiyasının yaradılması uğrunda mübarizə aparan bir cərəyan kimi verilməsinin əleyhinə çıxmışdı. O, belə qənaətə gəlmişdi ki, islamçılıq daha çox islam qanunları əsasında mənəvi birliyə nail olmaqdır.

Fikrimizcə, Ə.Ağaoğlu islamçılıq ideyası uğrunda mübarizədə türklüyü onun əsas silahlarından biri kimi görmüş, bu baxımdan «türk-islam millətçiliyi» dedikdə daha çox türk-müsəlman birliyini ifadə etmişdi. Bu baxımdan «Kaspi», «Həyat» və «İrşad» qəzetlərində dərc olunan məqalələrində o, ruslaşdırmaya, farslaşdırmaya, o cümlədən erməni millətçiliyinə qarşı çıxaraq milli mənsubiyyət məsələsinə geniş yer vermiş, türk adət-ənənələri və mədəniyyətini təbliğ etmiş, sünni-şiə ayrılıqlarına qarşı olmuş, milli hüquq və azadlıqlarından bəhs etmişdir.

Onun fikrincə, çar hökumətinin siyasəti isə, sadə rusların türklərə olan münasibətindən tamam fərqlidir. Belə ki, sadə ruslarla türk-tatarlar arasında gizli bir doğmalıq, yaxınlıq vardır, çünki rusların damaralarında türk-tatar qanı çoxdur. Tatarların bir neçə yüz il davam etmiş hökmranlığı hədər getməmiş, hər iki irq bir-birinə möhkəm qaynayıb qarışmışdır. Bir sözlə, ruslarla türk-tatarlar aralarındakı din ayrılığına baxmayaraq, tatarların öz antropoloji xüsusiyyətlərini qoruyub saxlamaqla yanaşı, bir çox rus ailələrinin də damarlarından tatar qanı axır. Ancaq türk-tatarlarla ruslar arasındakı bu doğmalığa, yaxınlığa rəğmən, 1-ci rus inqilabına qədər çar Rusiyası «mənfur məzhəbçilik-ruslaşdırma siyasəti» aparmış, onları ən mühüm hüquqlardan belə məhrum etmişdir.

Ə.Ağaoğlu açıq şəkildə qeyd edir ki, heç bir iş görmədən, əmək sərf etmədən, sutkada 18 saat yataraq, kef edərək fövqəltəbii möcüzələrlə 18 saat işləyən, əl-ələ verib yaşayan xalqlarla rəqabət aparmağı düşünmək çox yanlışdır və daha belə yaşamaq yaramaz. Artıq özümüzü cansız, ölü portretlərin yerinə qoymaqdan əl çəkməli, işləməli, özümüz özümüzün qeydinə qalmalı, ehtiyaclarımız barədə düşünməli və onun təmin edilməsi üsullarını öyrənməliyik: «İndi bütün Rusiya qarşısı alınmaz və qüdrətli bir tərzdə yeniləşdiyi bir dövrdə biz müsəlmanlar da yeniləşməliyik, əks təqdirdə biz yenə geridə  qalacayıq, yenə hamı bizi ötüb keçəcək». Ağaoğlu qeyd edir ki, Rusiyada həyata keçirilən islahatlardan maksimum yararlanmaq, yeni həyat formaları arasında başımızı itirməmək, həmin formalara ağlabatan tərzdə uyğunlaşmaq, ətrafmızıdakı xalqların səviyyəsinə çatmaq və özümüzə layiqli yer tumaq lazımdır: «Bundan ötrü isə: 1) elə bu saat, dərhal ictimai həyatda bizim zəifliyimizin, indiferentliyimizin, dava-dalaşın, şəxsi qərəzliyin bütün səbəblərini bir kənara atmalıyıq; 2) hər yerdə və hər işdə ağla, zəkaya, işguzarlığa, biliklərə, namusluluğa üstünlük verməli, onları yerlibazlığın, qohumbazlığın və şəxsi qərəzliyin kölələrinə çevirməməliyik; 3) müsəlmanlara hər yerdə və hər işdə, həmçinin müsəlman ziyalılarına tam etimad göstərilməli, onları özləri üçün rəhbər seçməli, onların məsləhət və göstərişlərinə əməl etməlidirlər, çünki yeni həyatın tələblərini, bu tələblərin təmin edilməsi üsullarını ən yaxşı bilən həmin ziyalılardır».

Ə.Ağaoğlunun bu tezislərində açıq aşkar siyasi ünsürlər də öz əksini tapmışdır. Çünki o, Rusiyadakı müsəlman türkləri eyni ideyanı, dini və etnik mənsubiyyəti nəzərə almaqla, birləşməyə çağırır və əsas yükü ziyalıların çiyininə qoyurdu. Birinci növbədə ziyalılar bütün qüvvələrini cəmləşdirməli, gecə-gündüz yorulmaq bilmədən işləməli və ölkə yeni həyata qədəm qoyduğu andan etibarən buna hazır olmalıdırlar. Ağaoğlunun fikrincə, ziyalılar Qafqazda müsəlman türklərin çoxluq təşkil edən bir millət olduğuna görə, mövcud olan rəsmi dövlət orqanları və başqa təşkilatları, eyni zamanda diyarın özünü hərtərəfli öyrənməlidirlər. Əgər bu baş verərsə, onda türklər Qafqazın ən sanballı ünsürü kimi diyarın həyatında onun sayına və mövqeyinə uyğun yer tuta biləcək və indiyə qədər olduğu kimi kənarda qalmayacaqdır.

20-ci əsrin əvvəllərində, xüsusilə 1900-1910-cu illərdə Azərbaycanda islamçılığın ən görkəmli nümayəndəsi, sovet ədəbiyyatında da etiraf olunduğu kimi «Azərbaycan burjaziyasının ideoloqu» Ə.Ağaoğlu Azərbaycan milli ideologiyasının formalaşmasında mühüm rolu olmuşdur. Ə.Ağaoğlunu həmin dövrdə digər fikirdaşlarından fərqləndirən əsas cəhət islam əsasında türksoylu dövlətlərin, hətta islam dövlətlərinin arasında «türk-islam birliyi»nin - türk-islam millətçiliyinin yarana bilməsi inancı olmuşdur.