בהנהלת משרד הבריאות בודקים גם טענות נוספות שלפיהן חלק מתהליך בדיקת המדדים המשווים במסגרת התוכנית הלאומית הביא לפגיעה ממשית באיכות הטיפול, ואף לסיכון חולים. לפי טענות אלה, מאחר שבתי חולים להוטים להצליח בממדים אלה, קיימת אצלם תופעה של ניתוחים וצנתורי לב וטיפולים מיותרים, וכן ניתוחים שנעשים באופן פזיז מדי, לא בטוח וללא הכנה מספקת. טענות אלה הועלו על ידי רופאים ומנהלים בכירים בפני הנהלת משרד הבריאות.

התוכנית הלאומית למדדי איכות במשרד הבריאות פועלת זה חמש שנים ונחשבה לפרויקט החשוב ביותר של משרד הבריאות לשיפור איכות הטיפול והשירות הרפואי. היא זכתה לשבחים, וכך גם מי שעמדה בראשה, ד"ר ענת עקה זוהר, שייסדה את התוכנית הלאומית וכיהנה כראש מינהל איכות, שירות ובטיחות הטיפול במשרד הבריאות, עד לפרישתה בתחילת אוגוסט בעקבות הטענות שהועלו על התוכנית וכחלק מעימות מול מנכ"ל המשרד משה בר סימן טוב

במכתב למנהלי בתי החולים נכתב כי נתוני הסקר החדשים ל־2017 יוצגו בכנס של בכירי מערכת הבריאות בסוף החודש, וכי "כבר בחודשים האחרונים נערך מספר רב של שינויים, הן באופן המדידה והן באופן ההצגה של הממדים. בבדיקת עומק שנערכה נמצא כי במספר רב של מדדים נפלו טעויות מתודולוגיות שלא אפשרו השוואה מהימנה בין בתי החולים, ועל כן הם לא ייכללו בדו"ח השנה עד לתיקון הנדרש".