מועצת הצמחים מחייבת את המגדלים, בהתאם לענפיהם, לשלם היטלים ללא כל קשר למצבם הכספי ולתמורה שהם מקבלים מהמועצה. רק ב-2016 התקציב של המועצה מהיטלים עמד על 65 מיליון שקל. 

בתנועה אמרו כי מועצת הצמחים הוקמה במטרה לחזק את החקלאות בישראל אך כשבוחנים לעומק את התנהלותה רואים כי תפקידה ההיסטורי הושלם, והשארתה במתכונתה הנוכחית פוגעת לא רק בחקלאות הישראלית, אלא גם בחופש העיסוק של החקלאים. 

חוות דעת מקצועיות פירטו לאורך השנים כיצד מועצת הצמחים חדלה כמעט לחלוטין ממעשיה ותרומתה לחקלאים, למעשה, אינה קיימת. אך למרות שהיא איננה ממלאת את חובותיה, הרי שאת סמכותה לגבות את כספי המגדלים המועצה מנצלת היטב. מציאות זו, הפוגעת בחופש העיסוק של החקלאים, הביאה רבים מהם לפעול ולדרוש את סגירת המועצה ולחתום על עצומה שהגישה התנועה לבג"ץ וקוראת לסגירת מועצת הצמחים. יותר מ-1000 חקלאים ישראלים כבר חתמו על העצומה וקוראים לסגירת מועצת הצמחים.

עו"ד נילי אבן חן, סמנכ"לית כלכלה בתנועה לאיכות השלטון בירכה את שר החקלאות ואמרה כי "מועצת הצמחים הוא גוף שהיה צריך לעבור מזמן מהעולם. כבר שלושים שנה ברור לכל כי הוא גוף לא מתפקד וייעודו המרכזי הוא סיוע ל"מקורבים לצלחת" תוך הכנסת ידו הארוכה לכיסיהם של החקלאים הגזולים. לפיכך מצאנו לנכון לחזק את ידי שר החקלאות במהלכו האמיץ היוצא נגד הלובי החקלאי והמהווה צעד חשוב לחיזוק החקלאים החקלאות והציבור הרחב בישראל שמרגיש את עולה של המועצה במחיר של כל ירק ופרי שהוא משלם".

ממועצת הצמחים נמסר כי "מועצת הצמחים היא הגוף שמייצג את חקלאי ישראל, וככזו – מספקת לו מגוון שירותים בלעדיים, בתחומים כמו מחקר ופיתוח, הדברה וטיפול במחלות ומזיקים, קידום ושיווק מוצרים, הלוואות להון חוזר ולהשקעות, ביטוח נזקי טבע, הדרכה ועוד. טרם ראינו מכתב בנושא, וקשה לנו להאמין כי שר החקלאות, כמו גם מנכ"ל משרדו, ייצא נגד חקלאי ישראל. אדרבא, מתגובת שר החקלאות שהוגשה בעתירה המתבררת עתה בבג"ץ עולה כי כוונתו היא הפוכה".